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まず、HDDへのアクセスやデータ転送が発生したり、他のアプリケーションからの一時的な負荷による場合が考えられます。
この場合はHDDのDMA転送をWindows上で有効にして下さい。また、HDDを接続しているポート(IDEやSCSI)のドライバを最新のものにすると、問題が改善されることもあります。お使いの機器のDMA転送の有無、設定方法に関しては、機器の製造元、コンピューターの販売元にご確認いただけるようお願いします。
次にバックグラウンドで常駐しているソフトウェア(アンチウイルス、ファイヤーウォール等)による場合も考えられます。
その場合は一度それらの常駐を解除するか、アンインストールを行ってみて、ノイズの状況を確認してみてください。
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